I sistemi di imaging ImageXpress e il software IN Carta permettono di passare in maniera rapida e affidabile dai saggi ai risultati

Il software di analisi delle immagini IN Carta® risolve i complessi problemi associati all’analisi delle immagini utilizzando avanzate funzionalità di intelligenza artificiale (IA) che trasformano le immagini in risultati facilmente interpretabili. Gli intuitivi flussi di lavoro aiutano a ottenere risposte più rapide dagli esperimenti 2D, 3D e 4D. Con l’integrazione del nostro editor di moduli personalizzati, è possibile definire protocolli di analisi delle immagini altamente personalizzati che permettono di ottenere risultati affidabili anche per saggi complessi, offrendo poi l’opportunità di visualizzare, esaminare e interagire rapidamente con i risultati delle analisi. Lasciate che il software IN Carta faccia il lavoro pesante in modo da potervi concentrare sulle vostre ricerche.

  • Icona Potente

    Potente

    I flussi di lavoro guidati e l’elaborazione in lotti scalabile aumentano la produttività e riducono il tempo necessario per ottenere le risposte. Gli esperimenti possono essere impostati rapidamente e l’analisi di vari pozzetti viene eseguita in parallelo.

  • Icona Mondo accademico

    Informativo

    La funzionalità di apprendimento automatico aiuta a ottenere maggiori informazioni e ad aumentare l’accuratezza dei dati dello screening ad alto contenuto per consentire nuove scoperte con la massima fiducia.

  • Icona Innovazione

    Intuitivo

    L’esperienza d’uso moderna e la tecnologia all’avanguardia riducono al minimo la curva di apprendimento del software rimuovendo gli ostacoli che rallentano la produttività.

Software di analisi delle immagini IN Carta

Software di analisi delle immagini IN Carta

Funzioni

  • Icona Apprendimento

    Deep learning

    Migliorate la specificità dei vostri flussi di lavoro per l'analisi delle immagini utilizzando il modulo SINAP. Il modulo SINAP sfrutta l’analisi delle immagini basata sul deep learning per offrire una segmentazione efficiente per praticamente qualsiasi struttura biologica.

  • Icona Protocolli

    Elenchi di lavoro mirati

    Selezionando una directory superiore è possibile inserire negli elenchi di lavoro set di dati di interesse relativi alle immagini oppure utilizzare la funzione di ricerca per individuare un set di dati di interesse.

  • Icona Funzionalità basate sull’IA

    Funzionalità di analisi dei dati basate sull’IA

    Sfruttate le potenzialità dell’apprendimento automatico senza essere un data scientist. Identificate e quantificate le alterazioni fenotipiche in un flusso di lavoro intuitivo. Analizzate i vostri dati e ottenete informazioni approfondite a partire da set di dati complessi. Individuate fenotipi nuovi e inattesi con pochi clic del mouse.

  • Icona Personalizzazione

    Personalizzazione

    Esplorate ed esaminate le immagini degli esperimenti, create protocolli di diversa complessità per l’analisi delle immagini e aggiungete processi di classificazione dei dati on-demand. Visualizzate i risultati delle analisi utilizzando funzionalità di collegamento dati a 360° tra immagini, tabelle di dati e grafici.

  • Icona Analisi 3D

    Analisi 3D

    L’applicazione 3D dell’editor di moduli personalizzati offre una flessibilità impareggiabile nella segmentazione di strutture biologiche complesse. I set di dati relativi alle immagini possono essere acquisiti in 3D o 4D (3D in time-lapse) ed è possibile sviluppare procedure di analisi delle immagini su misura nell’ambito di un flusso di lavoro guidato.

  • Icona Analisi in batch

    Analisi in batch e monitoraggio

    Nella modalità di analisi in lotti è possibile analizzare vari esperimenti con uno o più protocolli analitici. Monitorate lo stato di tutte le operazioni avviate e supervisionate il loro avanzamento in tempo reale.

IN Carta SINAP

Il modulo SINAP utilizza algoritmi di deep learning per migliorare l’accuratezza e l’affidabilità dei saggi di screening ad alto contenuto durante la segmentazione, la prima fase della procedura di analisi. Assicura un migliore rilevazione degli oggetti rispetto ai metodi di analisi delle immagini tradizionali. Uno strumento intuitivo permette di adattare facilmente i modelli di deep learning in modo da poter eseguire con la massima efficienza la segmentazione di qualsiasi nuovo oggetto biologico. Le informazioni quantitative ottenute dagli oggetti segmentati sono più accurate, permettendo di evitare che gli errori si propaghino nei passaggi successivi della procedura di analisi.

Con il modulo SINAP, la segmentazione non è più un problema!

  • Accurato - Le funzionalità di deep learning permettono di preservare l’accuratezza nei campioni difficili da segmentare, comprese le cellule a confluenza, i campioni con basso rapporto segnale/rumore e le immagini in luce trasmessa
  • Affidabile - I modelli SINAP possono tenere conto di un’elevata variabilità fenotipica
  • Flessibile - Un singolo flusso di lavoro permette di gestire una varietà di applicazioni e modalità di imaging
  • Accessibile - Il modello addestrato impara a eseguire la segmentazione da ciò che lo scienziato traccia sull’immagine invece di chiedere a uno specialista di deep learning di creare un nuovo modello e ottimizzare molteplici parametri
IN Carta SINAP
Segmentazione di regioni specifiche (corpo intero, testa, occhi, cervello) di un embrione di pesce zebra in un’immagine in luce trasmessa mediante modelli personalizzati di deep learning del modulo SINAP. Per gentile concessione del laboratorio della dott.ssa Guo, UCSF

IN Carta Phenoglyphs

Il modulo software IN Carta® Phenoglyphs™ utilizza un’esclusiva combinazione di funzionalità di apprendimento automatico supervisionate e non supervisionate per quantificare le alterazioni fenotipiche. Utilizzando varie centinaia di caratteristiche cellulari che possono essere analizzate simultaneamente, viene creato un profilo fenotipico completo che può essere applicato nell’intero flusso di lavoro di screening. Questo approccio multivariato alla classificazione assicura un’accurata caratterizzazione delle popolazioni di oggetti consentendo agli utenti di distinguere leggere alterazioni fenotipiche indotte da trattamenti farmacologici o modifiche genetiche. Può essere utilizzato su numerosi target biologici, tra cui organoidi, cellule, sferoidi e altro.

IN Carta Phenoglyphs
Classificazione di sferoidi formati da cellule HCT116. Gli sferoidi sono stati colorati con Hoechst 33342 per visualizzare i nuclei. Sono stati acquisiti piani multipli 3D nel tempo.
  • Completo - Un approccio basato sui dati che inizia con un raggruppamento non supervisionato per trovare pattern nei dati e individuare sottopopolazioni senza necessità di conoscere prima quali fenotipi potrebbero essere presenti.
  • Robusto - L’algoritmo dedicato di apprendimento automatico identifica il set ottimale di caratteristiche descrittive per evitare il sovradattamento del modello di classificazione risultante.
  • Flusso di lavoro ottimizzato - Per eseguire la classificazione è sufficiente confermare o correggere le previsioni dell’algoritmo finché non impara il comportamento corretto.

Editor di moduli personalizzati 2D e 3D IN Carta

  • Creazione di semplici procedure personalizzate di analisi passo per passo
  • Processi di segmentazione e classificazione degli oggetti su misura
  • Individuazione di oggetti localizzati in compartimenti biologici definiti
  • Indicazione delle sole misurazioni necessarie per un saggio di interesse
  • Analisi di dati imaging in tempo reale
  • Segmentazione 3D reale (solo applicazione 3D)
  • Ricostruzione affidabile della segmentazione 2D in un volume per i saggi 3D (solo applicazione 3D)

Editor di moduli personalizzati 2D e 3D IN Carta

 

Esempio di segmentazione di sferoidi di epatociti derivati da iPSC nell’editor di moduli personalizzati

Sistema di imaging ad alto contenuto ImageXpress® Confocal HT.ai

Potenti sorgenti luminose multi-laser, un modulo a disco confocale con penetrazione tissutale profonda, obiettivi a immersione in acqua e un moderno software di analisi ad apprendimento automatico

Nuovo tagImagexpress confocal
  • Ideale per saggi 3D e basati su cellule a elevata complessità
  • Laser ad alta intensità a sette canali che produce immagini più luminose con un rapporto segnale/rumore più alto
  • Tecnologia a disco confocale rotante per una penetrazione più profonda nel tessuto, che permette di ottenere immagini più nitide con una maggiore risoluzione
  • Obiettivi a immersione in acqua che permettono di quadruplicare il segnale a tempi di esposizione più brevi per una maggiore sensibilità e nitidezza delle immagini
  • Visualizza il prodotto

Avanzate funzioni analitiche basate sul cloud StratoMineR

Generazione di dati chiari e approfonditi a partire da dataset complessi

Avanzate funzioni analitiche basate sul cloud StratoMineR

Flussi di lavoro potenti e intuitivi consentono agli utenti di trasferire i dati di imaging ad alto contenuto direttamente in StratoMineR, dove vengono adoperati per produrre ricche visualizzazioni interattive utilizzando avanzati metodi di data mining. Quando utilizzato con il software di analisi delle immagini IN Carta, permette di ottenere solidi risultati quantitativi dai dataset e dalle immagini biologiche complesse utilizzando un’avanzata tecnologia basata sull’IA. Utilizzate tutti i vostri dati ad alto contenuto per scoprire, caratterizzare e analizzare fenotipi.

Ultime risorse

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  • Imaging su cellule vive

    Imaging su cellule vive

    L’imaging su cellule vive è lo studio della struttura e funzione cellulare in cellule viventi mediante tecniche di microscopia. Permette la visualizzazione e la quantificazione di processi cellulari dinamici in tempo reale. L’imaging su cellule vive può essere utilizzato in un’ampia varietà di aree e applicazioni biologiche e può implicare, ad esempio, l’esecuzione di saggi cinetici di lunga durata o la marcatura fluorescente di cellule vive.

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    Tossicologia

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    La tossicologia è lo studio degli effetti avversi dei composti chimici naturali e artificiali su un organismo vivente. Nel mondo moderno è un problema sempre più sentito, dato che siamo esposti a un numero sempre maggiore di composti chimici sia nell’ambiente in cui viviamo che nei prodotti che usiamo.

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Risorse del software di analisi delle immagini IN Carta

Presentazioni
Video e webinar
Serie di seminari sull’imaging 3D

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Coltura degli organoidi e saggi basati sulle immagini

Un nuovo standard nella coltura degli organoidi e nelle analisi basate sulle immagini

3D Biology high-throughput workflows

Automazione dei flussi di lavoro di biologia 3D ad alto rendimento

Sfruttate i flussi di lavoro completi automatizzati per eseguire saggi complessi sugli organoidi

Sfruttate i flussi di lavoro completi automatizzati per eseguire saggi complessi sugli organoidi

Ottimizzate le vostre colture cellulari 3D

Ottimizzate le vostre colture cellulari 3D: dalla ricerca alle applicazioni ad alto rendimento

Miglioramento della biologia 3D ad alto contenuto

Miglioramento dell’imaging ad alto contenuto per la biologia 3D con la preparazione automatizzata dei campioni

Miglioramento dei modelli di malattia 3D

Miglioramento dei modelli di malattia 3D: screening fenotipico automatizzato ad alto rendimento con la tecnologia organ-on-a-chip

Screening fenotipico ad alto contenuto

Screening fenotipico ad alto contenuto

Modelli emergenti di organoidi

Modelli emergenti di organoidi: dalla ricerca di base allo sviluppo di farmaci e alla medicina rigenerativa

Automazione della coltura e dell’imaging ad alto contenuto

Automazione della coltura e dell’imaging ad alto contenuto di organoidi 3D per la valutazione in vitro degli effetti di composti

Analisi delle immagini basata sul deep learning

Analisi delle immagini basata sul deep learning per il monitoraggio in tempo reale senza marcatura di colture di organoidi 3D e iPSC

Monitoraggio dello sviluppo di organoidi cerebrali 3D derivati da iPSC

Monitoraggio dello sviluppo di organoidi cerebrali 3D derivati da iPSC

Processi automatizzati di coltura e imaging ad alto contenuto di organoidi 3D polmonari

Rassegna delle innovazioni all’ISSCR 2021: Processi automatizzati di coltura e imaging ad alto contenuto di organoidi 3D polmonari e cardiaci

  • Citation
    Dated: May 16, 2022
    Publication Name: Aging

    Senescence-associated morphological profiles (SAMPs): an image-based phenotypic profiling method for evaluating the inter and intra model heterogeneity of senescence

    Senescence occurs in response to a number of damaging stimuli to limit oncogenic transformation and cancer development. As no single, universal senescence marker has been discovered, the confident classification of senescence induction requires the parallel assessment of a series of hallmarks. Therefore, there is a growing need for “first-pass”… View more

    Senescence occurs in response to a number of damaging stimuli to limit oncogenic transformation and cancer development. As no single, universal senescence marker has been discovered, the confident classification of senescence induction requires the parallel assessment of a series of hallmarks. Therefore, there is a growing need for “first-pass” tools of senescence identification to streamline experimental workflows and complement conventional markers.

    Contributors: Ryan Wallis, Deborah Milligan, Bethany Hughes, Hannah Mizen, José Alberto López-Domínguez, Ugochim Eduputa, Eleanor J. Tyler, Manuel Serrano, Cleo L. Bishop  
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  • Citation
    Dated: Feb 01, 2022
    Publication Name: ScienceDirect

    Virtual screening and in vitro validation of natural compound inhibitors against SARS-CoV-2 spike protein

    The COVID-19 pandemic caused by the SARS-CoV-2 virus has led to a major public health burden and has resulted in millions of deaths worldwide. As effective treatments are limited, there is a significant requirement for high-throughput, low resource methods for the discovery of novel antivirals. The SARS-CoV-2 spike protein plays a key role in… View more

    The COVID-19 pandemic caused by the SARS-CoV-2 virus has led to a major public health burden and has resulted in millions of deaths worldwide. As effective treatments are limited, there is a significant requirement for high-throughput, low resource methods for the discovery of novel antivirals. The SARS-CoV-2 spike protein plays a key role in viral entry and has been identified as a therapeutic target.

    Contributors: Helen Power, Jiadai Wu, Stuart Turville, Anupriya Aggarwal, Peter Valtchev, Aaron Schindeler, Fariba Dehghani  
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  • Citation
    Dated: Nov 03, 2021
    Publication Name: American Chemical Society

    Potent Anti-SARS-CoV-2 Activity by the Natural Product Gallinamide A and Analogues via Inhibition of Cathepsin L

    Cathepsin L is a key host cysteine protease utilized by coronaviruses for cell entry and is a promising drug target for novel antivirals against SARS-CoV-2. The marine natural product gallinamide A and several synthetic analogues were identified as potent inhibitors of cathepsin L with IC50 values in the picomolar range. Lead molecules possessed… View more

    Cathepsin L is a key host cysteine protease utilized by coronaviruses for cell entry and is a promising drug target for novel antivirals against SARS-CoV-2. The marine natural product gallinamide A and several synthetic analogues were identified as potent inhibitors of cathepsin L with IC50 values in the picomolar range. Lead molecules possessed selectivity over other cathepsins and alternative host proteases involved in viral entry. Gallinamide A directly interacted with cathepsin L in cells and, together with two lead analogues, potently inhibited SARS-CoV-2 infection in vitro, with EC50 values in the nanomolar range. Reduced antiviral activity was observed in cells overexpressing transmembrane protease, serine 2 (TMPRSS2); however, a synergistic improvement in antiviral activity was achieved when combined with a TMPRSS2 inhibitor. These data highlight the potential of cathepsin L as a COVID-19 drug target as well as the likely need to inhibit multiple routes of viral entry to achieve efficacy.

    Contributors: Anneliese S. Ashhurst, Arthur H. Tang, Pavla Fajtová, Michael C. Yoon, Anupriya Aggarwal, Max J. Bedding, Alexander Stoye, Laura Beretta, Dustin Pwee, Aleksandra Drelich, Danielle Skinner, Linfeng Li, Thomas D. Meek, James H. McKerrow, Vivian Hook, Chien-Te Tseng, Mark Larance, Stuart Turville, William H. Gerwick*, Anthony J. O’Donoghue*, and Richard J. Payne*  
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  • Citation
    Dated: Nov 01, 2021
    Publication Name: AAN PUBLICATIONS

    GRP78 Antibodies Are Associated With Blood-Brain Barrier Breakdown in Anti–Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein Antibody–Associated Disorder

    To analyze (1) the effect of immunoglobulin G (IgG) from patients with anti–myelin oligodendrocyte glycoprotein antibody (MOG-Ab)–associated disorder on the blood-brain barrier (BBB) endothelial cells and (2) the positivity of glucose-regulated protein 78 (GRP78) antibodies in MOG-Ab–associated disorders. View more

    To analyze (1) the effect of immunoglobulin G (IgG) from patients with anti–myelin oligodendrocyte glycoprotein antibody (MOG-Ab)–associated disorder on the blood-brain barrier (BBB) endothelial cells and (2) the positivity of glucose-regulated protein 78 (GRP78) antibodies in MOG-Ab–associated disorders.

    Contributors: Fumitaka Shimizu, Ryo Ogawa, Yoichi Mizukami, Kenji Watanabe, Kanako Hara, Chihiro Kadono, Toshiyuki Takahashi, View ORCID ProfileTatsuro Misu, Yukio Takeshita, Yasuteru Sano, Miwako Fujisawa, Toshihiko Maeda, View ORCID ProfileIchiro Nakashima, Kazuo Fujihara, Takashi Kanda  
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  • Citation
    Dated: Sep 24, 2021
    Publication Name: ScienceDirect

    Immunisation of ferrets and mice with recombinant SARS-CoV-2 spike protein formulated with Advax-SM adjuvant protects against COVID-19 infection

    The development of a safe and effective vaccine is a key requirement to overcoming the COVID-19 pandemic. Recombinant proteins represent the most reliable and safe vaccine approach but generally require a suitable adjuvant for robust and durable immunity. We used the SARS-CoV-2 genomic sequence and in silico structural modelling to design a… View more

    The development of a safe and effective vaccine is a key requirement to overcoming the COVID-19 pandemic. Recombinant proteins represent the most reliable and safe vaccine approach but generally require a suitable adjuvant for robust and durable immunity. We used the SARS-CoV-2 genomic sequence and in silico structural modelling to design a recombinant spike protein vaccine (Covax-19).

    Contributors: LeiLia, Yoshikazu Honda-Okubo, Ying Huang, HyesunJang, Michael A. Carlock, Jeremy Baldwin, Sakshi Piplani, Anne G.Bebin-Blackwell, DavidForgacs, Kaori Sakamoto, Alberto Stella, Stuart Turville, Tim Chataway, Alex Colella, Jamie Triccas, Ted M. Ross, Nikolai Petrovsky  
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    Dated: Apr 20, 2021
    Publication Name: ScienceDirect

    Long-term persistence of RBD+ memory B cells encoding neutralizing antibodies in SARS-CoV-2 infection

    Considerable concerns relating to the duration of protective immunity against severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-CoV-2) exist, with evidence of antibody titers declining rapidly after infection and reports of reinfection. Here, we monitor the antibody responses against SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) for up to 6 months… View more

    Considerable concerns relating to the duration of protective immunity against severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-CoV-2) exist, with evidence of antibody titers declining rapidly after infection and reports of reinfection. Here, we monitor the antibody responses against SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) for up to 6 months after infection. While antibody titers are maintained, ∼13% of the cohort’s neutralizing responses return to background.

    Contributors: Arunasingam Abayasingam, Harikrishnan Balachandran, David Agapiou, Mohamed Hammoud, Chaturaka Rodrigo, Elizabeth Keoshkerian, Hui Li, Nicholas A. Brasher, Daniel Christ, Romain Rouet, Deborah Burnet, Branka Grubor-Bauk, William Rawlinson, StuartTurville, Anupriya Aggarwal, Alberto Ospina Stella, Christina Fichter, Fabienne Brilot…Rowena A. Bull  
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Soluzioni di imaging e analisi ad alto contenuto, che vanno dalla microscopia digitale automatizzata ai sistemi di imaging confocale ad alto rendimento con obiettivi a immersione in acqua e tecnologia a disco rotante brevettata.