Software di analisi delle immagini IN Carta
Solidi risultati quantitativi a partire da set di dati e immagini biologiche complesse
I sistemi di imaging ImageXpress e il software IN Carta permettono di passare in maniera rapida e affidabile dai saggi ai risultati
Il software di analisi delle immagini IN Carta® risolve i complessi problemi associati all’analisi delle immagini utilizzando avanzate funzionalità di intelligenza artificiale (IA) che trasformano le immagini in risultati facilmente interpretabili. Gli intuitivi flussi di lavoro aiutano a ottenere risposte più rapide dagli esperimenti 2D, 3D e 4D. Con l’integrazione del nostro editor di moduli personalizzati, è possibile definire protocolli di analisi delle immagini altamente personalizzati che permettono di ottenere risultati affidabili anche per saggi complessi, offrendo poi l’opportunità di visualizzare, esaminare e interagire rapidamente con i risultati delle analisi. Lasciate che il software IN Carta faccia il lavoro pesante in modo da potervi concentrare sulle vostre ricerche.
Potente
I flussi di lavoro guidati e l’elaborazione in lotti scalabile aumentano la produttività e riducono il tempo necessario per ottenere le risposte. Gli esperimenti possono essere impostati rapidamente e l’analisi di vari pozzetti viene eseguita in parallelo.
Informativo
La funzionalità di apprendimento automatico aiuta a ottenere maggiori informazioni e ad aumentare l’accuratezza dei dati dello screening ad alto contenuto per consentire nuove scoperte con la massima fiducia.
Intuitivo
L’esperienza d’uso moderna e la tecnologia all’avanguardia riducono al minimo la curva di apprendimento del software rimuovendo gli ostacoli che rallentano la produttività.
Software di analisi delle immagini IN Carta
Funzioni
Deep learning
Migliorate la specificità dei vostri flussi di lavoro per l'analisi delle immagini utilizzando il modulo SINAP. Il modulo SINAP sfrutta l’analisi delle immagini basata sul deep learning per offrire una segmentazione efficiente per praticamente qualsiasi struttura biologica.
Iniziate con una lista di lavoro
Selezionando una directory superiore è possibile inserire negli elenchi di lavoro set di dati di interesse relativi alle immagini oppure basta usare la ricerca per trovarli.
Funzionalità di analisi dei dati basate sull’IA
Sfruttate le potenzialità dell’apprendimento automatico senza essere un data scientist. Identificate e quantificate le alterazioni fenotipiche in un flusso di lavoro intuitivo. Analizzate i vostri dati e ottenete informazioni approfondite a partire da set di dati complessi. Individuate fenotipi nuovi e inattesi con pochi clic del mouse.
Personalizzazione
Esplorate ed esaminate le immagini degli esperimenti, create protocolli di diversa complessità per l’analisi delle immagini e aggiungete processi di classificazione dei dati on-demand. Visualizzate i risultati delle analisi utilizzando funzionalità di collegamento dati a 360° tra immagini, tabelle di dati e grafici.
Analisi 3D
L’applicazione 3D dell’editor di moduli personalizzati offre una flessibilità impareggiabile nella segmentazione di strutture biologiche complesse. I set di dati relativi alle immagini possono essere acquisiti in 3D o 4D (3D in time-lapse) ed è possibile sviluppare procedure di analisi delle immagini su misura nell’ambito di un flusso di lavoro guidato.
Analisi in batch e monitoraggio
Nella modalità di analisi in lotti è possibile analizzare vari esperimenti con uno o più protocolli analitici. Monitorate lo stato di tutte le operazioni avviate e supervisionate il loro avanzamento in tempo reale.
Flexi-Protocol
L’applicazione Flexi-Protocol permette di creare protocolli di analisi personalizzati di varia complessità aggiungendo il numero di fasi di analisi necessarie. Ogni fase di analisi può contenere operazioni di pre-elaborazione dell’immagine e di post-elaborazione della maschera dell’oggetto per adattarsi meglio a un saggio specifico. I riquadri di analisi e di visualizzazione delle immagini, ridisegnati, possono essere espansi o chiusi a seconda della necessità di concentrazione.
- Semplice o complesso: create qualsiasi protocollo di analisi necessario per il saggio di interesse. Segmentate ed estraete misure da qualsiasi numero di canali
- Personalizzato: definite la gerarchia dei target nel protocollo tramite il collegamento dei target. Utilizzate l’opzione Misura personalizzata per calcolare misure aggiuntive per qualsiasi target biologico.
- Valido: sfruttate l’opzione di segmentazione del deep learning in qualsiasi fase dell’analisi. Le maschere di destinazione possono essere combinate utilizzando operazioni logiche
- Facile da usare: l’interfaccia utente intuitiva con riquadri dinamici consente di concentrarsi sullo sviluppo del protocollo.
- Una guida a portata di clic: accedete facilmente alla guida contestuale con una guida utente interattiva e ricercabile.
IN Carta SINAP
Il modulo SINAP utilizza algoritmi di deep learning per migliorare l’accuratezza e l’affidabilità dei saggi di screening ad alto contenuto durante la segmentazione, la prima fase della procedura di analisi. Assicura un migliore rilevazione degli oggetti rispetto ai metodi di analisi delle immagini tradizionali. Uno strumento intuitivo permette di adattare facilmente i modelli di deep learning in modo da poter eseguire con la massima efficienza la segmentazione di qualsiasi nuovo oggetto biologico. Le informazioni quantitative ottenute dagli oggetti segmentati sono più accurate, permettendo di evitare che gli errori si propaghino nei passaggi successivi della procedura di analisi.
Con il modulo SINAP, la segmentazione non è più un problema!
- Accurato - Le funzionalità di deep learning permettono di preservare l’accuratezza nei campioni difficili da segmentare, comprese le cellule a confluenza, i campioni con basso rapporto segnale/rumore e le immagini in luce trasmessa
- Affidabile - I modelli SINAP possono tenere conto di un’elevata variabilità fenotipica
- Flessibile - Un singolo flusso di lavoro permette di gestire una varietà di applicazioni e modalità di imaging
- Accessibile - Il modello addestrato impara a eseguire la segmentazione da ciò che lo scienziato traccia sull’immagine invece di chiedere a uno specialista di deep learning di creare un nuovo modello e ottimizzare molteplici parametri
Segmentazione di regioni specifiche (corpo intero, testa, occhi, cervello) di un embrione di pesce zebra in un’immagine in luce trasmessa mediante modelli personalizzati di deep learning del modulo SINAP. Per gentile concessione del laboratorio della dott.ssa Guo, UCSF
IN Carta Phenoglyphs
Il modulo software IN Carta® Phenoglyphs™ utilizza un’esclusiva combinazione di funzionalità di apprendimento automatico supervisionate e non supervisionate per quantificare le alterazioni fenotipiche. Utilizzando varie centinaia di caratteristiche cellulari che possono essere analizzate simultaneamente, viene creato un profilo fenotipico completo che può essere applicato nell’intero flusso di lavoro di screening. Questo approccio multivariato alla classificazione assicura un’accurata caratterizzazione delle popolazioni di oggetti consentendo agli utenti di distinguere leggere alterazioni fenotipiche indotte da trattamenti farmacologici o modifiche genetiche. Può essere utilizzato su numerosi target biologici, tra cui organoidi, cellule, sferoidi e altro.
Classificazione di sferoidi formati da cellule HCT116. Gli sferoidi sono stati segmentati sulla base di immagini in campo chiaro utilizzando SINAP. Il campione è stato inoltre contro-colorato con Hoechst 33342, Calcein AM e MitoTracker Red per visualizzare rispettivamente nuclei, cellule vive e mitocondri.
- Completo - Un approccio basato sui dati che inizia con un raggruppamento non supervisionato per trovare pattern nei dati e individuare sottopopolazioni senza necessità di conoscere prima quali fenotipi potrebbero essere presenti.
- Robusto - L’algoritmo dedicato di apprendimento automatico identifica il set ottimale di caratteristiche descrittive per evitare il sovradattamento del modello di classificazione risultante.
- Flusso di lavoro ottimizzato - Per eseguire la classificazione è sufficiente confermare o correggere le previsioni dell’algoritmo finché non impara il comportamento corretto.
Editor di moduli personalizzati 2D e 3D IN Carta
- Creazione di semplici procedure personalizzate di analisi passo per passo
- Processi di segmentazione e classificazione degli oggetti su misura
- Individuazione di oggetti localizzati in compartimenti biologici definiti
- Indicazione delle sole misurazioni necessarie per un saggio di interesse
- Analisi di dati imaging in tempo reale
- Segmentazione 3D reale (solo applicazione 3D)
- Ricostruzione affidabile della segmentazione 2D in un volume per i saggi 3D (solo applicazione 3D)
Esempio di segmentazione di cellule HCT116 che formano uno sferoide, segmentato con l’editor di moduli personalizzati 3D e visualizzato nel visualizzatore 3D.
Sistema di imaging ad alto contenuto ImageXpress® Confocal HT.ai
Potenti sorgenti luminose multi-laser, un modulo a disco confocale con penetrazione tissutale profonda, obiettivi a immersione in acqua e un moderno software di analisi ad apprendimento automatico
- Ideale per saggi 3D e basati su cellule a elevata complessità
- Laser ad alta intensità a sette canali che produce immagini più luminose con un rapporto segnale/rumore più alto
- Tecnologia a disco confocale rotante per una penetrazione più profonda nel tessuto, che permette di ottenere immagini più nitide con una maggiore risoluzione
- Obiettivi a immersione in acqua che permettono di quadruplicare il segnale a tempi di esposizione più brevi per una maggiore sensibilità e nitidezza delle immagini
Avanzate funzioni analitiche basate sul cloud StratoMineR
Generazione di dati chiari e approfonditi a partire da dataset complessi
Flussi di lavoro potenti e intuitivi consentono agli utenti di trasferire i dati di imaging ad alto contenuto direttamente in StratoMineR, dove vengono adoperati per produrre ricche visualizzazioni interattive utilizzando avanzati metodi di data mining. Quando utilizzato con il software di analisi delle immagini IN Carta, permette di ottenere solidi risultati quantitativi dai dataset e dalle immagini biologiche complesse utilizzando un’avanzata tecnologia basata sull’IA. Utilizzate tutti i vostri dati ad alto contenuto per scoprire, caratterizzare e analizzare fenotipi.
Risorse recenti
Come possiamo aiutarvi a fare progressi nella vostra prossima scoperta?
I nostri team altamente qualificati sono in prima linea con i clienti che seguiamo, conducendo dimostrazioni di prodotti da remoto o sul posto, webinar e altro per aiutarvi a risolvere le sfide più ardue poste dalla ricerca. Come possiamo esservi d’aiuto oggi?
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Risorse del software di analisi delle immagini IN Carta
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*Fonte: https://scholar.google.com/
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